Joaquim Teófilo Braga conta com muito mais páginas em todas as enciclopédias de Literatura do que nos livros sobre História de Portugal. Foi escolhido para presidir ao primeiro Governo Provisório saído do 5 de Outubro de 1910 até à eleição do Dr. Manuel de Arriaga, tendo depois, por deliberação do Congresso, completado o mandato desde 29 de Maio de 1911 a 5 de Outubro de 1911. Teófilo Braga completou o mandato de Manuel de Arriaga como Presidente da República entre 29 de Maio e 4 de Agosto de 1915
Teófilo Braga ainda jovem foi seduzido pelas ideias filosóficas de Comte e defendia as ideias positivistas. "O positivismo consolidou sobretudo a ideia de que a República não podia ser um simples golpe de Estado, e que talvez até devesse dispensar os intentos revolucionários." (José Mattoso, História de Portugal, vol. 6, p. 403) Os republicanos acreditavam que "para criar a República era preciso libertar os indivíduos das antigas sujeições. A mais grave era, sem dúvida, a sujeição espiritual. Em Portugal, em 1900, apenas 50 000 indivíduos, em cerca de 6 milhões, tinham declarado nos boletins de recenseamento não ser católicos. Para os republicanos, os espíritos dos Portugueses estavam, assim, cativos de uma organização, a igreja Católica Romana, que em 1864, condenara solenemente o liberalismo e todas as ideias modernas" (Mattoso, idem, p. 4O9). Para o historiador António Reis a actividade doutrinária de Teófflo Braga foi determinante para a consolidação do ideário republicano.
Joaquim Teófilo Braga nasceu em Ponta Delgada, a 24 de Fevereiro de 1843, filho de Joaquim Manuel Fernandes Braga, provavelmente bisneto de um dos "meninos de Palhavã", (os célebres três filhos bastardos do rei D. João V, cada um de sua mãe, que o monarca viria a perfilhar e educar) e de Maria José da Câmara e Albuquerque, da ilha de Santa Maria, também descendente das mais nobres linhagens portuguesas, que o genealogista Ferreira Serpa faz retroceder a D. Urraca do início da nacionalidade. É uma ironia do destino este republicano, laico e anti-monárquico ter uma tal descendência, que muitos aristocratas não enjeitariam poder ostentar.
O pai de Teófilo, professor do liceu, enviuvou tinha o filho apenas três anos. Casará dois anos depois, em segundas núpcias, com uma senhora que tratava muito mal o pequeno Teófilo. Esta criança triste refugia-se na leitura e entra para uma oficina de tipógrafo para poder imprimir o seu primeiro livro de versas aos quinze anos. Com dificuldade consegue convencer o pai a deixá-lo ir estudar para Coimbra, o que acontece em 1861. É contemporâneo de Antero de Quental e vai participar na famosa polémica contra o academismo do escritor e pedagogo Castilho, em 1865. Teófilo Braga casa em 1868, no mesmo ano do seu doutoramento. A sua produção literária ligada à investigação histórica é enorme. Abordou, na linha do filósofo e escritor francês Michelet as origens etnográficas, linguísticas e histórico-literárias da nossa cultura. Escreveu "História da Poesia Popular Portuguesa", a "História do Teatro Português", e no campo doutrinário, "História das Ideias Republicanas em Portugal" e inúmeras obras panfletárias. Uma das mais polémicas, no ponto de vista de investigação científica foi "História do Romantismo em Portugal", em 1880. Ainda considerada obra de valor é a sua "História da Universidade de Coimbra", em quatro volumes.
Em 1872, Teófilo Braga é professor catedrático de Literaturas Modernas. É a partir desta época que se vai interessar pela doutrina positivista, dirigindo mesmo uma revista com esse nome "O Positivismo". Em 1880 é escolhido para organizar sumptuosos festejos do 3º centenário da morte de Camões, de onde sai com grande prestígio.
Os seus estudos sobre costumes e tradições portuguesas, bem como toda a sua obra foi rudemente criticada na época. Diversas vezes foi considerado um plagiador. É certo que Teófilo lia muito e era pouco cuidadoso nos textos, sendo vulgar omitir as citações e apontar ideias e teorias de outros. O médico e político Ricardo Jorge é extremamente acutilante e não o poupa no livro com o título "Contra um plágio do Prof. Theófilo Braga", em 1917: E diz mesmo :"Teófilo Braga, como imagem venerada de polígrafo, lembra os ídolos indianos, coroados de muitas cabeças - é um poliocéfalo. Cada cabeça, cada sabença. Como das carrancas dum chafariz, jorra de cada bocarra um caudal de ciência estampada..." O próprio Antero de Quental com quem de início Teófilo se deu, disse que Teófilo era um "hierofante [indivíduo que se julga sabedor] do charlatanismo literário". E o historiador brasileiro Sílvio Romero chamou-lhe "Papa dos charlatães". Camilo Castelo Branco também se contava entre os seus "inimigos" declarados, mas condoeu-se dele, em 1887, quando Teófilo perdeu, num curto espaço de tempo, dois filhos. Já tinha perdido outro. Então Camilo escreve o belíssimo soneto "A maior dor humana" (Camilo perdera também uma neta que adorava).
Teófilo Braga casou com Maria do Carmo Xavier, natural do Porto, e tiveram três filhos: Joaquim, Maria da Graça e Teófilo. Mas a infelicidade perseguia-o. Perdeu como se disse os três filhos pouco depois a mulher que ele amava e de quem fala no testamento que fez em 15 de Maio de 1887 (ainda ela era viva). Através desse documento ficamos a saber que ele apenas tinha o dinheiro que ganhara com a sua docência e alguns bens que a mulher tinha trazido, quando casaram. Era pois apenas remediado.
José Relvas, contemporâneo de Teófilo, foi outra das personalidades que não o poupou. Disse que o prestígio por ele alcançado não era merecido e que só quem não o lera é que o podia admirar. No entanto, Rocha Martins (revista "Arquivo Nacional", nº 113, de Março de 1934) fala numa entrevista que fizera a Teófilo, em 1916, e onde é visível uma grande admiração pelo escritor e presidente, que lhe falou da sua vida e das dificuldades que passara em Coimbra. Teófilo contou-lhe que uma vez, no Porto em casa do livreiro Moré se cruzara com Camilo que lhe estendeu a mão e que ele (Teófilo) lhe voltara as costas. E acrescentou para Rocha Martins "Estava ainda moço... Hoje não voltava as costas a ninguém... Todos os homens devem saber perdoar".
A entrevista termina com um comentário filosófico sobre povo português " "O português está destinado a viver sempre. Se não, que visse eu o feitio deste povo. Nos cataclismos não se rende, nas aflições não perece. O filho do português fora de Portugal aumenta de resistência." Terá Teófilo razão e a sua mensagem servirá para os portugueses de hoje?
Teófilo era um homem extremamente simples, talvez demasiado. Desde que enviuvara passara a ser um misógino enfiado na sua biblioteca. Mesmo enquanto Presidente, qualquer lisboeta o podia ver proletariamente a andar de eléctrico, com o guarda-chuva no braço ou de bengala já sem ponteira. O exercício da presidência não estaria muito na sua maneira de ser. Como homem de letras, Teófilo teve mais sorte, porque, com o passar dos anos foram-se esbatendo os aspectos negativos da sua vida e obra e hoje os autores de história da literatura consideram-no, com algumas reservas, um erudito.
A última casa em que viveu situava-se num segundo andar do número 70 da Rua de Santa Gertrudes à Estrela, em Lisboa. Era uma vizinha que lhe levava, de manhã, o pequeno almoço e lhe fazia um pouco de companhia. Já tinha bastante idade. Vestia roupa muito usada e chegava ele mesmo a remendar peças de roupa branca, porque tinham sido da mulher e isso fazia-o recordar-se de bons momentos juntos. Teófilo era um homem solitário e não terá sido muito feliz. Não teve o amor de uma mãe, de um pai, perdeu os filhos e por fim até a sua companheira partiu antes dele.
Embora anti-clerical, Teófilo Braga dizia, com orgulho, que impedira António José de Almeida de apagar o nome da Rainha D. Leonor do Hospital das Caldas, pois como dizia, "é um perigo as intervenções reformadoras sem conhecimento das origens venerandas, cuja tradição nunca deve ser apagada". No seu testamento deixou expresso que queria um enterro civil, sem cerimónia. Morreu com 81 anos.