Eleito Presidente em 5 de Outubro de 1919, foi o único a cumprir integralmente e sem interrupções o seu mandato de 4 anos. Com ele, Portugal retorna a uma presidência civil.
António José de Almeida é uma das figuras mais vivas e actuantes deste período, sendo a sua acção em prol da educação e do ensino só por si suficiente para ser recordado como homem empenhado numa mudança positiva da sociedade portuguesa - acrescendo a isto a sua acção como político desde os anos de estudante e como Presidente da República. Figura polémica, ainda hoje os historiadores se dividem na forma como o julgar.
No tomo seis da "História de Portugal" dirigida por José Mattoso, o autor do artigo por diversas vezes diz ter sido António José de Almeida um "demagogo" acabando mesmo por afirmar que ele foi "o maior demagogo da República". Mas António Sérgio defendeu opinião diferente: "O juiz moral, por conseguinte, nunca deveria entrar na História, mas entra e entra até com exagero na frequência e na severidade..."("Ensaios", tomo V, 1973, p. 32) Magalhães Lima, Grão-mestre da Maçonaria, chamou a António José de Almeida o "Nuno Álvares Pereira da República" (é certo que eram amigos dai o elogio ser normal), mas vários outros historiadores portugueses vivos lhe não têm regateado elogios ao fazer o balanço geral da sua vida de dedicação total à jovem República Portuguesa. E sabe-se que não tirou proveito algum disso. Morreu pobre.
Nascido em 17 de Julho de 1866, em Vale da Vinha, concelho de Penacova, António José de Almeida estudou no liceu de Coimbra e depois na Faculdade de Medicina da mesma cidade. Está, desde jovem, ligado ao ideário da República. Aos 23 anos já reúne um grupo de estudantes republicanos para comemorarem a implantação da República no Brasil, em 15 de Novembro de 1889. No ano seguinte, o lente da Faculdade de Medicina, Lopes Vieira, escreve sobre ele: "Proponho que os membros da Conferência se comprometam aqui formal e expressamente a impedir a entrada para o Magistério de Medicina do estudante António José de Almeida, quaisquer que sejam as classificações que hajam de lhe ser conferidas, quer agora, quer no quinto ano ou depois - 30-VII-1894". Em resposta, António José de Almeida escreve o panfleto "Desforra", onde faz uma crítica feroz e mordaz a alguns professores e aos seus métodos de ensino. O seu livro, de duzentas páginas, teve um grande sucesso. Depois da oposição ao conservadorismo, António José de Almeida vai ser processado e condenado por ter escrito um duro artigo no folheto "Ultimatum" contra a monarquia dos Bragança, com o célebre título "Bragança, o último". Nesse folheto também colaborara Afonso Costa. Foram julgados em 25 de Junho de 1890 e, nota curiosa, em defesa dos réus estiveram, por Afonso Costa, Magalhães Lima e por António José de Almeida o futuro primeiro Presidente da República Manuel de Arriaga. Afonso Costa não foi condenado, O pai de António José de Almeida assistira, já quase cego, ao julgamento e, nessa noite, numa reunião republicana, dá a sua adesão ao Partido Republicano.
António José de Almeida esteve envolvido na revolta de 31 de Janeiro de 1891, no Porto, na sequência do "Ultimatum" imposto pela Inglaterra. No dia 14 de Janeiro de 1893, por ocasião da morte de José Falcão (republicano e professor de Matemáticas admirado pelos alunos), vai proferir o primeiro discurso da sua carreira de eloquente orador. No ano seguinte, 1894, funda com mais dois amigos o jornal "O Raio".
Forma-se em Medicina em 30 de Julho de 1895, com a classificação de "distinto". Parte para Angola em Março de 1896 e depois para S. Tomé, onde vai exercer a sua profissão de médico. Regressará a Lisboa no navio "Luanda", em 22 de Julho de 1903. Nesse ano, vai viajar por França e estagiar em clínicas de Paris. De longe não deixa de colaborar no jornal "O Mundo", onde diz qual o programa do Partido Republicano Português.
De regresso a Portugal, vai optar pela vida política, interrompendo a carreira de médico. Entra para a Câmara dos Deputados, onde fará inflamados discursos entre 1906 e 1910. Em 28 de Janeiro de 1908, após uma tentativa de revolução, é novamente preso, no quartel do Carmo. Com ele é também preso o político e médico Dr. Egas Moniz (Prémio Nobel da Medicina em 1949). O comandante da Guarda pergunta a João Franco como deveria tratar António José de Almeida e ele responde: "Como eu desejaria que se procedesse comigo, se um dia fosse preso político".
No dia 31 de Janeiro desse ano, sai o decreto que permite a expulsão do território nacional europeu de todos os adversários do governo. No dia seguinte, o rei D. Carlos I e o príncipe herdeiro são assassinados na Rua do Arsenal, junto ao Terreiro do Paço. João Franco demite-se.
No Governo Provisório da República, António José de Almeida é Ministro do Interior (1910-1911). Dirá deste período que, por cada desengano recebido dos homens, mais a fé na República se vincara e penetrava na terra firme das suas crenças. É deste período que lhe devemos a reorganização do ensino médico, a reforma da instrução primária e a reforma universitária, com a criação da Universidade do Porto.
Em Dezembro de 1910, António José de Almeida, com 44 anos, casa com Maria Joana Queiroga, herdeira rica, de quem terá uma filha.
Mais tarde, funda o Partido Evolucionista, saído de uma cisão com o Partido Republicano Português, de que foi líder entre 1912 e 1919. O Partido Evolucionista irá fundir-se, em finais de 1919, com a União Republicana, originando o Partido Liberal Republicano. Em 1916-1917, António José de Almeida - que chega a presidir ao Governo - será Ministro das Colónias.
Em 23 de Novembro de 1914, fez um discurso no Congresso defendendo a entrada de Portugal na 1ª Grande Guerra, caso a Inglaterra o desejasse: "(...) entendemos sempre que, caso a Inglaterra não carecesse do nosso auxílio, nos devíamos dispensar de colaborar com eles nos feitos de guerra, mas entendemos também, e desde a primeira hora, que caso a Inglaterra precisasse de nós, expeditamente, sem relutância e sem desgosto, deveríamos ir ocupar a seu lado o lugar de combatentes efectivos." E apresentava uma fórmula: "Vamos até onde for preciso, mas sendo preciso!"
Durante a presidência de António José de Almeida, Portugal recebeu os reis da Bélgica e o príncipe do Mónaco. Este manifestou ao Presidente o desejo de ir colocar uma coroa de flores no túmulo do rei D. Carlos, gesto com o qual o Presidente, com cortesia, concordou. Em jovem tinha sido acutilante para com a monarquia, mas a maturidade e o cargo tinham-lhe dado uma vi são mais ampla e tolerante da vida politica.
Foi também durante a sua presidência que foi efectuada a transladação dos restos mortais dos nossos soldados, mortos em França e na Flandres, cerimónia de significativo valor patriótico. O túmulo do Soldado Desconhecido passou a ter sempre na Mosteiro da Batalha uma guarda de honra e uma vela acesa como sinal do respeito perene pelos que caíram no cumprimento do dever.
Mas o sexto Presidente da Primeira República também passou por graves dificuldades, sobretudo em 1921, com a revolta de 21 de Maio e os graves incidentes de 19 de Outubro. A Guarda Nacional Republicana tornara-se numa força armada. De 4575 efectivos em 1919, passa para 14341 em 1921. O tenente-coronel desta Guarda chega a chefiar um Governo, mas é afastado, e isso vai desencadear uma revolta. Juntam-se-lhe grevistas, sindicalistas e a Marinha. Derrubam o Governo liderado por António Granjo. Este, depois de ser preso, é assassinado, bem como Machado Santos e Carlos da Maia. Perante a gravidade da situação, António José de Almeida anuncia que vai resignar, mas é impedido, pois urna manifestação enorme pede-lhe que fique. É então escolhido Cunha Leal para formar novo Governo de coligação e marcar novas eleições.
1922 será, além do ano da histórica travessia do Atlântico pelos portugueses Gago Coutinho e Sacadura Cabral, o ano da viagem de António José de Almeida ao Brasil, nas comemorações do Primeiro Centenário da independência daquela ex-colónia. É difícil resumir aqui o que foi essa viagem triunfal, de 17 de Agosto a 27 de Setembro. António José de Almeida foi ao Brasil como Presidente da República portuguesa - com uma comitiva composta de inúmeras figuras importantes do jornalismo, da ciência e da política portuguesa - mas os seus dotes de oratória e os inúmeros discursos que proferiu foram também um triunfo pessoal.
Após terminar o seu mandato, em 1923, António José de Almeida retira-se devido a uma doença que o impedia de andar. Um médico de hoje disse-me que ele sofria de gota, uma doença causada apenas pela ingestão de certos alimentos que provocam ácido úrico, que se aloja nas articulações o que provoca dores horríveis impossibilitando de andar. Cura-se apenas com alimentação racional, mas, nesse tempo, nem o próprio Presidente (que era médico) o sabia. Curiosamente o imperador Carlos V sofreu do mesmo mal.
Sentado numa cadeira de rodas, ainda no seu cargo, António José de Almeida continuou a escrever para o jornal que fundara, "A República", recebendo amigos e reitores de liceus com quem gostava de dissertar sobre os problemas do ensino, O primeiro reitor do Liceu Pedro Nunes, Sá e Oliveira, era um dos que o ia visitar lá a casa para se aconselhar com ele. Uma filha deste reitor, Lídia Homem de Gouveia, que conheci bem, disse-me que se lembrava com nitidez da figura do Presidente e como ela se sentia orgulhosa de este lhe fazer uma festa na cabeça, quando acompanhava o pai a casa de António José de Almeida, na Av. António Augusto de Aguiar.
Numa pequena biografia de António José de Almeida, o médico Álvaro Barros Rosa escreve: "Convém desfazer a ideia arreigada no povo de que António José de Almeida era um ateu e um inimigo acérrimo da Igreja Católica, o que não é verdade. Os que o rodearam, ouviram-no dizer, pouco antes de morrer, "Morro cristão, mas não católico". Deixou este mundo em a 31 de Outubro de 1929. O seu funeral foi uma manifestação impressionante de pesar. No dia seguinte o "Diário de Notícias" lançou a ideia de se lhe erigir um monumento. Dos projectos a concurso foi escolhido o do escultor Leopoldo de Almeida e do arquitecto Pardal Monteiro.
Quando, em 1955, o Presidente da República brasileira Café Filho esteve em Portugal, afirmou vir retribuir a visita feita ao Brasil por António José de Almeida.
Foram prolongados, os ecos da sua triunfal viagem...